Infection à coronavirus MERS-COV

mise à jour
Mise à jour 18/11/2021

INTRODUCTION/GÉNÉRALITÉ

  • Famille des Coronaviridae, virus sphériques enveloppés à ARN 
  • Chez l’homme, HCoV-229 E et HCoV-OC43, connues pour provoquer des infections principalement respiratoires bénignes
  • Identification en 2003 du SARS-CoV, issu soit d’un coronavirus humain non pathogène, soit du franchissement de la barrière d’espèce d’un virus non caractérisé
  • Identification en 2012 d'un nouveau Coronavirus HCoV-EMC, nommé MERS-CoV, responsable à fin Mai 2018 de 2 200 cas confirmés (létalité observée de 33 %) dans 26 pays différents depuis le début de l'épidémie en 2012 (dont 83% des cas en Arabie Saoudite et 89 % dans la Péninsule Arabique) selon l'OMS. Situation internationale. Tous les cas survenus en dehors du Moyen-Orient présentaient un lien direct ou indirect avec l’épicentre de l’épidémie. Sur cette période, en Europe, le dernier des 15 cas répertoriés (dont 3 secondaires) a été rapporté par l’Autriche en septembre 2016. Réservoir principal : dromadaire.
  • Au 17 juin 2015 la Corée du Sud a rapporté 162 cas dont 20 décès, ayant tous un lien épidémiologique directe ou indirect avec le cas index ou des cas secondaires ou tertiaires dans des structures de santé.

HISTORIQUE

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PHYSIOPATHOLOGIE

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ÉPIDÉMIOLOGIE

  • Depuis l’identification en septembre 2012 du premier cas humain d’infection à nouveau coronavirus (Middle East Respiratory Syndrome-Coronavirus, Mers-CoV), le bilan mondial de l’OMS rapportait début 2019 près de 2 300 cas confirmés et une létalité proche de 35% chez les cas détectés.
  • La majorité (89 %) des cas était rapportée par les pays de la péninsule Arabique (Arabie saoudite, Bahreïn, Émirats arabes unis, Koweït, Oman, Qatar, Yémen) et plus particulièrement par l’Arabie saoudite (83 %). 
  • Tous les cas survenus en dehors du Moyen-Orient présentaient un lien direct ou indirect avec l’épicentre de l’épidémie. Sur cette période, en Europe, 15 cas ont été répertoriés dont 2 cas en France identifiés en 2013. L’enjeu actuel est de contenir l’épidémie, alors que de nouveaux cas humains sont régulièrement identifiés et en l’absence d’un vaccin disponible.1
  • Dans sa dernière évaluation du risque en date du 21 octobre 2015 (21e mise à jour), l’European Center for Disease Prevention and Control (ECDC) a considéré que des cas d’infection à Mers-CoV importés en Europe restent possibles du fait d’un trafic aérien important, ainsi que la survenue de cas secondaires, notamment en milieu de soins. Cependant, le risque d’une large transmission communautaire liée à des cas importés est considéré comme faible. Le cluster survenu à l’été 2015 en Corée du Sud, avec plusieurs dizaines de cas secondaires, démontre toutefois la nécessité de maintenir une grande vigilance quant au risque d’importation et de transmission de personne à personne de ce virus.1

Des pics de cas enregistrés qui coïncident avec la période de retour du grand pèlerinage à la Mecque (Hadj) : Entre octobre 2012 et décembre 2015, 1410 signalements ont été signalé enregistrés avec 4 pics d’activité. Le premier pic est concomitant avec le diagnostic des 2 cas confirmés d’infections à MERS-CoV en France (mai-juin 2013). Quant aux 3 autres pics, ils coïncident avec la période de retour du grand pèlerinage à la Mecque (Hadj). En dehors de ces périodes, les nombres mensuels de signalements variaient de 1 à 55 en 2014 et 2015, avec une médiane de 14 signalements par mois.1

FACTEURS DE RISQUES

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aspect CLINIQUE

A) Données cliniques :

Début typiquement par : fièvre, toux, frissons, des maux de gorge, myalgies et des arthralgies suivies par une dyspnée. Progression rapide vers une pneumonie nécessitant souvent une assistance ventilatoire, et parfois vers des défaillances d’autres organes.

Mais :

  • Les manifestations cliniques initiales ne sont pas toujours typiques d’infection respiratoire aiguë fébrile sévère.
  • Des signes digestifs peuvent être présents et non évocateurs.
  • Les signes de gravité et les défaillances viscérales peuvent s’installer secondairement.
  • Des formes plus bénignes sont décrites, mais pratiquement tous les patients symptomatiques présentent des signes respiratoires.
  • Il existe des formes asymptomatiques.

Ainsi, devant un patient revenant d’une zone atteinte mais présentant une symptomatologie atypique, il convient de ne pas écarter trop rapidement le diagnostic d’infection à MERS-CoV.

B) Définition : Cas possible d'infection par le HCoV-EMC : 4 situations5)

Toute personne ayant voyagé ou séjourné dans les pays listés ci-dessous, qui, au cours des 14 jours après son retour, a présenté :

  • des signes cliniques et/ou radiologiques de détresse respiratoire aiguë (SDRA) ou d’infection du parenchyme pulmonaire, incluant une fièvre ≥ 38°C et de la toux,
  • sans autre étiologie identifiée pouvant expliquer la pathologie.

Tout contact (ex. famille, soignants) d’un cas possible ou confirmé, ayant présenté :

  • une infection respiratoire aiguë quelle que soit sa gravité,
  • dans les 14 jours suivant le dernier contact avec le cas possible/confirmé pendant que ce dernier était malade (i.e symptomatique).

Toute personne ayant travaillé ou ayant été hospitalisée dans un établissement hospitalier :

  • dans un des pays listés
  • et ayant présenté une infection respiratoire aiguë quelle que soit sa gravité,
  • dans les 14 jours suivant le dernier contact avec cet établissement.

Toute personne ayant eu un contact proche avec

  • un dromadaire ou un produit issu de l’animal (lait non pasteurisé, viande crue, urine)
  • dans un des pays listés
  • et ayant présenté une infection respiratoire aiguë, quelle que soit sa gravité, dans les 14 jours suivant ce contact.

Pour les personnes immunodéprimées ou présentant une pathologie chronique, il faut considérer également la survenue d’un syndrome fébrile avec diarrhée et/ou tableau clinique sévère.

C) Définition : Cas confirmé :

  • Cas possible avec prélèvements respiratoires indiquant la présence du nouveau coronavirus MERS-CoV

D) Liste des pays concernés par les cas confirmés, et pays limitrophes : Arabie Saoudite, Bahreïn, Emirats Arabes Unis, Irak, Iran, Israël, Jordanie, Koweït, Liban, Oman, Qatar, Syrie, Territoires palestiniens occupés, Yémen.

Ces définitions de cas sont susceptibles d’évoluer rapidement avec le temps. Il convient ainsi de suivre cette évolution sur le site internet de l’InVS 

E) Infection à MERS-CoV : repérer et prendre en charge un patient suspect. INFORMATION pour les SAMU et autres soignants de 1ère ligne :

  • Les infections à MERS – Coronavirus (MERS-CoV), transmissibles par voies contact et gouttelettes, voire voie aérienne, sont potentiellement graves (létalité d’environ 40%). En contexte d’épidémie de MERS-CoV au Moyen-Orient persistante depuis 2012 (notamment durant les retours de pèlerinages à La Mecque, il est essentiel que dès le 1er contact d’un patient suspect avec le système de soin, soit organisé, par les 1ers soignants, le recours rapide à l’expertise clinique et épidémiologique, avec une application stricte des mesures de protection, tout en recherchant les diagnostics alternatifs les plus probables

EXAMENS COMPLÉMENTAIRES

A) Radiographie pulmonaire pour le classement du cas :

  • L’analyse des données des cas confirmés montre que les radiographies pulmonaires initiales étaient anormales chez 86 à 100 % de ces patients.
  • Lorsque la clinique est évocatrice (SDRA par exemple), ou qu’une exposition spécifique a été identifiée (contact avec un cas confirmé, séjour ou travail dans un hôpital de la zone à risque ou contact avec un dromadaire), la radiographie n’est pas nécessaire pour classer le cas suspect en cas possible.
  • En dehors de ces cas, la radiographie pulmonaire permet le classement du cas suspect en déterminant s’il y a ou non infection du parenchyme pulmonaire. (précaution “Air” et “Contact”)

Conditions de réalisation de la radiographie pulmonaire :

  • sur le plateau technique de l'établissement hospitalier de proximité
  • transport dans le strict respect des précautions d’hygiène par un vecteur diligenté par le SAMU-Centre 15 et adapté à la situation clinique.
  • la prise en charge sur le plateau technique d’imagerie de l’établissement hospitalier de proximité devra répondre aux mêmes règles.

B) Prélèvement :

ils doivent être réalisés le plus tôt possible, si possible dès l'admission pour identifier au plus tôt les cas confirmés et mettre en place au plus vite les mesures pour éviter l'installation d'une chaîne de transmission sur le territoire.

Précautions :

  • En respectant l’association de précautions de type «Air» et de précautions de type «Contact» 
  • Avec surblouse, gants à usage unique, port d’un appareil de protection respiratoire (masque) de type FFP2, port de lunettes de protection pendant un soin exposant et hygiène des mains avec un soluté hydro-alcoolique (SHA)

Prélèvements au niveau des voies respiratoires basses :

  • Seuls les prélèvements « profonds » (des voies aériennes inférieures) sont formellement informatifs, c’est-à-dire des échantillons de bonne qualité provenant des voies aériennes profondes (Avis du 28 juin 2013 et du 30 octobre 2013 du HCSP.)
  • Certains prélèvements trop précoces (moins de 4 jours après l’apparition des symptômes) peuvent être faussement négatifs.
  • L’évolution clinique rapidement favorable des patients classés cas possibles est un critère de jugement utile pour exclure une infection à MERS-CoV.

Modalités pratiques :

  • Adultes non intubés/non ventilés : obtention des échantillons lors d’un effort de toux, une expectoration provoquée ou par aspiration trachéale.
  • Enfants non intubés/non ventilés : aspiration naso-pharyngée immédiatement après une séance de kinésithérapie respiratoire (expectoration provoquée).
  • Adultes et enfants intubés : idéalement un lavage broncho-alvéolaire effectué sous fibroscopie, à défaut un autre prélèvement profond (prélèvement distal protégé, aspiration trachéale, mini-lavage alvéolaire dirigé par fibroscopie ou aveugle).

Autres prélèvements :

  • Prélèvements de selles : ou écouvillonnage rectal à réaliser en cas de diarrhée en respectant strictement l’application des mesures d’hygiène de type « contact ».
  • Prélèvement de sang sur tube sec systématiquement réalisé, accompagné si possible d’un prélèvement sur EDTA, en appliquant les précautions d’usage (virémie possible).

Transport au laboratoire de microbiologie selon les règles applicables à tout prélèvement susceptible de contenir des germes dangereux, connus ou non :

  • Les laboratoires doivent être prévenus de la présence de prélèvements provenant de cas possibles du nouveau coronavirus HCoV-EMC ou NCoV et veiller à la stricte application des précautions d’hygiène.
  • Au minimum double emballage, par navette pédestre ou automobile, sans utiliser le système pneumatique
  • Prélèvement pour recherche du HCoV-EMC : à adresser à l’un des 2 laboratoires du CNR des virus influenzae
  • Expédition obligatoirement par transporteur utilisant un conditionnement de type classe III.

DIAGNOSTICS DIFFÉRENTIELS

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ÉTIOLOGIE

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COMPLICATIONS

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PRISE EN CHARGE THÉRAPEUTIQUE

A) Symptomatique :

  • traitement symptomatique d'une détresse respiratoire
  • traitement d'une insuffisance rénale associée

B) Traitement antiviral : pas de traitement antiviral spécifique réellement validé :

  • Inferféron + ribavirine ? (Protocole de recherche)
  • Cidofovir chez l'immunodéprimé ?

ÉVOLUTION/PRONOSTIC

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PRÉVENTION

Isolement des cas suspects

Déclaration immédiate à l'ARS et l'InVS (alerte@invs.sante.fr) ou téléphone 24h/24 : 0820 426 715

Application des précautions de type “Air” et “contact” autour d'un cas

  • Précaution “Air” et “Contact” autour d'un cas connu ou suspecté
  • Précaution devant un syndrome respiratoire aigu aux urgences

Mesures d’hygiène applicables à tous patients :

  • Précautions standard, en particulier l’hygiène des mains par friction hydro-alcoolique, s’appliquent ainsi à la prise en charge de tout patient ;
  • si un patient tousse : il portera un masque chirurgical, et réalisera également une hygiène des mains avec un produit hydro-alcoolique ;
  • Patient suspect d’une infection respiratoire non encore documentée ou investiguée : prise en charge dans une chambre individuelle et tous les soignants porteront au minimum un masque chirurgical ; 

Organisation de la prise en charge d’un patient suspect d’infection à MERS-CoV :

  • Mise en place de précautions complémentaires d’hygiène (souvent appelées mesures d’isolement) : association de précautions complémentaires de type « Air » et de précautions complémentaires de type « Contact ».

Orientation vers les structures ciblées (Samu 15) :

  • Patient est vu par un médecin en dehors de l’hôpital : il restera isolé des autres personnes et portera un masque chirurgical. Le médecin consulté contactera le Centre 15 qui l’aidera pour le classement en « cas possible » en lien avec l’ARS et l’InVS ;
  • Patient est pris initialement en charge aux urgences : il restera dans un box fermé jusqu’à classement en « cas possible » par l’ARS et l’InVS, puis sera adressé vers le secteur d’hospitalisation ciblé. 
  • L’équipe opérationnelle en hygiène (EOH) ainsi que l’infectiologue seront prévenus afin d’accompagner cette prise en charge (mesures d’hygiène, …).

Si l’étape de classement nécessite qu’un examen radiologique soit réalisé, réalisation dans un établissement hospitalier de proximité afin de permettre le strict respect de ces précautions.

  • transport vers l’établissement par vecteur diligenté par le Centre 15 et adapté à la situation clinique, sous réserve que le transporteur puisse assurer le respect des précautions requises.
  • Prise en charge sur le plateau technique d’imagerie de l’établissement hospitalier de proximité : mêmes règles
  • professionnels chargés en charge de cette prise en charge sensibilisés et formés au respect de ces précautions d’hygiène ;
  • port par le patient d'un masque chirurgical et par les soignants d'un appareil de protection respiratoire (masque) de type FFP2).
  • patients et soignants doivent se désinfecter les mains avec un SHA. 

Prise en charge d’un cas classé en « possible » par l’Agence régionale de santé (ARS) et l’InVS :

  • Hospitalisation en chambre individuelle, avec un renouvellement correct de son air (6 à 12 volumes/h sans recyclage), de préférence en chambre à pression d’air négative et, si possible, avec sas (pour l’habillage et le déshabillage des professionnels intervenant auprès du patient).

Pour les professionnels de santé et visiteurs :

  • port d’une sur-blouse à usage unique, avec un tablier plastique en cas de soins à risque d’être mouillant ou souillant ;
  • port de gants non stériles à usage unique ;
  • port d’un appareil de protection respiratoire - APR (masque) de type FFP2
  • port de lunettes de protection en plus de l’APR FFP2 pendant un soin exposant, comme les soins respiratoires susceptibles de générer des aérosols (intubation, lavage broncho-alvéolaire, aspirations trachéales, autres examens diagnostiques respiratoires et ventilation manuelle);
  • réalisation d’un geste d’hygiène des mains par friction avec un soluté hydro- alcoolique (SHA) dès le retrait des gants et avant de quitter la chambre.

Pour le patient, s’il est indispensable de lui permettre de quitter sa chambre (réalisation d’un examen complémentaire par exemple) :

  • port de masque chirurgical ;
  • désinfection des mains par friction avec un SHA.

SURVEILLANCE

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CAS PARTICULIERS

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THÉRAPIES FUTURES

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RÉFÉRENCES